"Insula Malleacensis" est devenue Maillezais ; une île parmi une vingtaine d'autres dans le Golfe des Pictons, ancêtre de l'actuel Marais Poitevin. Au 10ème siècle, Guillaume Tête d'Étoupe, duc d'Aquitaine, y possède une résidence de chasse. Un premier monastère est construit puis un second au début du 11ème siècle : l'abbaye bénédictine Saint-Pierre de Maillezais.

L'origine du bourg est peut-être une concession faite en 1064 par l'abbé Goderan à un abbé de Vendôme d'un terrain pour bâtir une maison près d'un port.

L'importance religieuse et économique de l'abbaye Saint-Pierre contribue au développement du bourg qui devient la plus importante des quatre communes de l'île, devant Saint-Pierre-le-Vieux, Liez et Maillé.

En 1317 le pape l'érige en siège épiscopal jusqu'au transfert de l'évêché à La Rochelle en 1666.
Pendant les Guerres de religion, les protestants y obtiennent une place de sûreté.
En janvier 1790 Maillezais devient chef-lieu de canton et retrouve la prospérité dans l'agriculture et l'artisanat.
En 1892 le village compte 1476 habitants. Dans la partie plaine on cultive le blé. Dans le marais assaini par de nombreux canaux, on plante des frênes et des peupliers.
Après le remembrement on y voit surtout des grands champs de maïs et de tournesol.
Origine du nom : malleacensis, de l'adjectif qui signifiait " de Maillé " et qui donna le nom moderne de Maillezais.